비영리법인의 정관은 주무관청의 허가를 받아야 변경의 효력이 생깁니다(「민법」 제42조제2항). 그런데 어느 기관이 주무관청인지 기관끼리 판단이 달라 허가신청이 처리되지 않은 사안이 있었고, 국민권익위원회가 10월 22일 시정권고를 냈습니다. 여러 지역에 사무소를 둔 비영리법인이라면 정관변경 전에 주무관청부터 확인해야 합니다.
1. 사안의 경위
아래 경위는 국민권익위원회 보도자료에 공개된 내용이며, 법인과 지방정부 이름은 공개되지 않았습니다.
- 2019년: ㄱ법인이 A지방정부의 허가를 받아 설립
- 2023년: 사업지역을 넓히며 주사무소를 B지방정부 관할로 옮기고, A지방정부 관할 사무소도 유지(두 개 시·도에 사무소). 이후 B지방정부가 주무관청 역할 수행
- 2026년: 목적사업 추가를 위해 B지방정부에 정관변경 허가 신청 → B지방정부가 보건복지부에 검토 요청 → 보건복지부는 사업지역을 넓히는 내용이 아니라며 소관이 아니라고 반려 → B지방정부도 신청을 반려
- 처리 기관을 찾지 못한 ㄱ법인이 국민권익위원회에 고충민원 신청
2. 권익위 판단: 주무관청은 활동 범위로 정한다
국민권익위원회가 인용한 관련 법령에 따르면, 보건복지부 소관 비영리법인 가운데 한 시·도 안에서만 활동하는 법인은 해당 시·도가, 두 곳 이상의 시·도에서 활동하는 법인은 보건복지부가 주무관청이 됩니다.
- ㄱ법인은 2023년 두 지역에 사무소를 두게 된 때부터 주무관청이 보건복지부로 바뀌었다고 판단했습니다. 보건복지부 업무편람도 활동 범위가 여러 시·도로 확장되면 정관변경 허가권이 보건복지부에 있다고 안내하고 있습니다.
- 주무관청은 신청 내용이 아니라 법인의 활동 범위를 기준으로 정해지므로, 이번 신청이 사업지역 확대와 무관한 목적사업 추가라도 보건복지부가 처리해야 한다고 보았습니다.
- 다른 기관 소관 민원을 받은 행정기관은 「민원 처리에 관한 법률」 제16조제1항에 따라 지체 없이 소관 기관에 이송해야 하므로, B지방정부는 반려가 아니라 보건복지부로 이송했어야 한다고 판단했습니다.
3. 권고 내용
- 시정권고: B지방정부는 반려를 취소하고 신청을 보건복지부로 이송, 보건복지부는 이송받아 처리
- 제도개선 의견표명: 보건복지부에 여러 시·도 활동 여부를 판단하는 기준과 절차를 개선하도록 권고
시정권고와 의견표명은 법령 개정이 아니므로, 주무관청 판단 기준이 언제 어떻게 정비될지는 ⚠️ 보건복지부의 후속 조치 확인이 필요합니다.
4. 비영리법인이 확인할 점
- 현재 주무관청 확인: 설립 이후 주사무소 이전이나 분사무소 설치로 활동 지역이 두 곳 이상의 시·도로 넓어졌다면, 정관변경·임원변경·기본재산 처분 허가를 어디에 신청해야 하는지 먼저 확인합니다.
- 반려 처분을 받은 경우: 소관이 아니라는 이유로 반려됐다면 이송 요청이나 고충민원을 검토할 수 있습니다. 반려에 처분성이 인정되는지와 불복 기한은 사안별로 판단이 필요합니다.
- 다른 부처 소관 법인: 이번 판단은 보건복지부 소관 법인에 관한 것입니다. 다른 부처 소관 법인은 부처별 소관 비영리법인 설립·감독 규칙과 권한 위임 규정을 따로 확인해야 합니다.
- 정관변경 뒤 등기: 목적·사무소 등 등기사항이 바뀌면 「민법」상 3주 안에 변경등기를 해야 합니다.
황윤상 행정사 사무소는 비영리법인 설립허가, 정관변경 허가신청, 주무관청 협의 서류 작성을 대행해드립니다.
출처: 국민권익위원회 · 기관 간 이견으로 멈춘 정관변경허가 민원, 반복되지 않도록 관련 절차 개선해야(2026.10.22.)
본 글은 황윤상 행정사 사무소가 공개된 자료를 토대로 정리한 행정동향 안내입니다. 개별 사안의 적용 여부는 관할 기관 확인이 필요합니다.